Til að sinna verkefnum sínum getur Seðlabanki Íslands ýmist þurft að beita sér á tilteknum fjármálamörkuðum eða að hafa visst eftirlit með þeim. Seðlabankinn hefur eftirlit með millibankamarkaði með gjaldeyri og millibankamarkaði með krónur (REIBOR). Bankinn grípur inn í millibankamarkaði með gjaldeyri og kaupir eða selur krónur fyrir evrur þegar ástæða er talin til. Seðlabankinn skráir daglega opinbert viðmiðunargengi íslensku krónunnar og vexti á krónumarkaði. Þegar bankinn ákveður vexti í viðskiptum við fjármálafyrirtæki hefur hann áhrif á vexti á millibankamarkaði með krónur.

Seðlabankinn er aðili að viðskiptakerfi Nasdaq OMX og fylgist með skipulögðum verðbréfamarkaði. Bankinn getur átt viðskipti á eftirmarkaði með skuldabréf, telji hann það þjóna markmiðum sínum.